こんにちは, シーフードです.
Atom パッケージ markdown-table-editor の v1.1.0 をリリースしました. atom.io
今回の目玉はテーブルの左側のマージンの文字をカスタマイズできるようになったことです.
これで何が嬉しいかというと, 例えばパッケージの設定から Scopes に comment.block.documentation.js, Left Margin Characters に * を追加すると,

以下のように JavaScript のコメント内で Markdown のテーブルを編集することが出来るようになります.

上記の設定方法だと Left Margin Characters の設定が (JavaScript だけでなく) すべてのファイルについて共通になってしまうので,
もし問題が発生する場合は config.cson に以下のような設定を書くことで JavaScript 内でのみ * をマージンと扱うように設定できます.
".js.source": "markdown-table-editor": leftMarginChars: "*"
他の言語での scope の設定はカーソルがコメント中にある状態で Command Palette (Ctrl(Cmd) + Shift + P) から Log Cursor Scope を選ぶと確認できます.
それでは良いドキュメンテーション生活を.
P.S.
コア部分もアップデートしています.
VSCode 版とか需要ありそうなので誰か作って.